Pierwsza Sekcja Balonowa powstała w Aeroklubie Warszawskim 15 września 1933 roku i była jedną z dwóch pierwszych w Polsce (druga działała w Aeroklubie Krakowskim). Jej kierownikiem został Józef Rzeczyński. Na początku 1935 roku Sekcja doczekała się nawet swojej filii – za taką uznano bowiem założone w Legionowie Koło Balonowe.

Po latach sukcesów warszawskiego baloniarstwa, w latach 60. XX wieku nastąpił drastyczny spadek lotów i rozwoju tej dyscypliny, by po kolejnych kilkunastu doczekać się jego ponownego rozkwitu, co było spowodowane m.in. wprowadzeniem balonów na ogrzane powietrze – tańszych w eksploatacji od swoich poprzedników, czyli balonów gazowych.

Reaktywacja Sekcji Balonowej w Aeroklubie Warszawskim miała miejsce w 1988 roku. Sekcja prowadzi podstawową działalność statutową - szkolenie, loty treningowe i sportowe.